Земля, 2047 год. Период относительного мира и спокойствия быстро закончился, и братство NOD, возглавляемое Кейном, развязало третью тибериумную войну. На поверхности истерзанной планеты снова выросли грибы атомных взрывов, однако коалиционные силы GDI на этот раз оказались не готовы к боевым действиям. Последний оплот законности и справедливости несет огромные потери под ударами NOD, а планета тем временем медленно умирает. На Земле осталось лишь двадцать процентов так называемых «голубых», экологически чистых зон, где и сконцентрировались силы GDI. Ровно половина земного шара покрылась «желтыми» зонами, где съедобная пища и питьевая вода ценятся на вес золота, а власть находится в руках группировки фанатиков. Оставшаяся же часть планеты покрылась густыми зарослями смертельно ядовитого минерала тиберия. В этой «красной» зоне не выживают земные организмы, зато вольготно чувствуют себя мутанты и гости из глубокого космоса